یکی از نکات گمرکی مربوط به ترجیحات تعرفه ای می باشد : باید به ضمیمه جدول مقررات صادرات و واردات توجه شود که اگر ترجیحاتی به بعضی کشورها داده شده مثل پاکستان ، ازبکستان، ترکیه ، تونس با تعرفه گمرکی کمتر ترخیص کالا را انجام دهیم . توضیح این که به موجب تخفیفات تعرفه ای ، صاحبان کالا می توانند از تخفیف در حقوق ورودی استفاده نمایند و به این ترتیب کالای وارد شده نسبت به انواع مشابه از سایر کشورها که مشمول ترجیحات نیست ، ارزان تر از گمرک خارج می گردد .
از دیگر نکات گمرکی مربوط به ابلاغ توقیف کالا در گمرک است:
اگر کالایی ترخیص قطعی نشده و صاحب کالا قبلا بدهی قطعی به گمرک داشته ، کالای متعلق به او با ابلاغ رسمی از سوی گمرک قابل ترخیص نیست تا بدهی را بپردازد .
توضیح اینکه برای اینکه با مشکل توقیف کالا بابت مطالبات قطعی شده مواجه نشوید ، همواره به مواعد قانونی پس از ابلاغ مطالبه نامه های گمرک دقت کنید و اگر اعتراضی به مطالبات دارید ظرف مهلت های قانونی عنوان کنید .
از نکات گمرکی دیگر تخفیف حقوق ورودی و هزینه گمرکی کالاهای آسیب دیده است:
اگر کالایی که هنوز از گمرک خارج نشده ، معلوم گردد که آسیب دیده جز در ضمن ارزیابی با حضور و مباشرت صاحب کالا یا نماینده او یا در ضمن صورت برداری در انبار (انوانتر) صاحب کالا می تواند نسبت به میزان آسیب دیدگی درخواست تخفیف در حقوق ورودی و عوارض و هزینه های گمرکی غیر از باربری نمایند .
در این گونه موارد مهم نیست که خسارت کجا و در چه زمانی اتفاق افتاده است . همین که احراز شود کالا خسارت دیده است جز در مورد استثنا شده ، از تخفیف در حقوق ورودی و هزینه ها جز باربری استفاده خواهد کرد .
از نکات گمرکی دیگر در مورد عنوان اظهارنامه : تا زمانی که کالا کلا در گمرک موجود است صاحب کالا می تواند در صورتی که اظهار اول خلاف و منجر به قاچاق یا راجع به ممنوعیت نباشد و اگر فقط جریمه تعلق می گیرد آن را بپردازد ، درخواست تغییر عنوان (مثلا ورود قطعی ، موقت و …) دهد.