موضوع اختلاف می تواند راجع به دو مبحث متفاوت باشد که در زیر به آنها اشاره شده :

وجوهی که در ارتباط با کالاست

نکات ایمنی و کیفی مربوط به کالا

ممنوعیت یا محدودیت درباره کالا

ایراد در اجرای الزامات قانونی

بخش ۱-وجوهی که در ارتباط با کالای وارده است :

اختلاف در ارزش گذاری

اختلاف در طبقه بندی کالا

اختلاف در اجرای مقررات صادرات و واردات

اختلاف درباره ماهیت کالا

۱-۱ اختلاف گمرکی در زمینه ارزش گذاری :

بر حسب اینکه اختلاف پیش از خروج کالا از گمرک یا پس از خروج کالا از گمرک کشف بشود ، طرز محاسبه ؛ طرز عمل و اقدام گمرک را مشاهده می کنیم :

از عوامل بسیار مهم در هر یک از رویه های واردات یا صادرات ؛ ارزش کالاست . در واردات به لحاظ اینکه عموما به کالای ورودی برای مصرف (واردات قطعی) حقوق ورودی تعلق می گیرد (موارد کمی نیز از این حقوق معاف هستند ) و این حقوق از روی ارزش گمرکی وصول می شود ، از این رو گمرک باید اطمینان یابد که ارزش های اظهار شده به وسیله صاحبان کالا درست است و مطابق معیارهای قانونی در ارزش گذاری بوده باشد . همین موضوع سبب بروز اختلاف بین صاحب کالا و گمرک در شرع عملیات و تشریفات گمرکی می شود . که در حال حاضر مبنا سامانه ارزش گمرکی است .

در صادرات کمیته قیمت گذاری در سازمان توسعه تجارت کمتر مجال بروز اختلاف در گمرک دست می دهدFariba Da:

ارزش گذاری پیش از ترخیص کالا از گمرک

یا نظر گمرک را می پذیریم

از ترخیص کالا صرف نظر و کالا را مرجوع می کنیم .

از ترخیص خودداری و منتظر نظر  اعلام نظر نهایی گمرک بمانیم

کالا را مرخص کنیم و ما به التفاوت و جریمه را سپرده کنیم و منتظر اعلام نظر قطعی گمرک باشیم.

در حالتی که نظر گمرک را بپذیریم :

میزان اختلاف تقریبا با مقایسه زمانی که برای چانه زدن یا انتخاب سایر موارد صرف می شود ، مقرون به صرفه است .

مطمئن هستیم در صورت اعتراض و مکاتبه با گمرک ایران نتیجه ای نخواهیم گرفت

اصولا به ارزش درج شده در اینوویس که پیوست اظهارنامه کرده ایم اعتقادی نداریم

ممکن است در گمرک ایران حتی به تفاوتی بیش از آنچه گمرک محل رسیده ، دست یابند و به اصطلاح کار مشکل تر شود .

در حالت بعدی که از ترخیص کالا خودداری و کالا را مرجوع می کنیم "

وقتی امکان رقابت با ارزش جدید در بازار مقدور نباشد که در هر حال تفاوت بین افزایش ارزش کالا و اجبار به پرداخت ما به التفاوت را هنگام مرجوع نمودن باید بپذیریم . در نظر داشته باشید که هزینه های انبارداری و کرایه حمل به مقصد جدید را مد نظر قرار دهید .

در حالت سوم که از ترخیص کالا صرف نظر و منتظر نظر قطعی گمرک بمانیم

این گزینه شاید در مورد محنولاتی که انبارداری آن رقم بالایی را تشکیل می دهد ؛ درست نباشد . در سایر موارد نیز اگر صاحب کالا قصد مصرف کالا را در داخل داشته باشد ، در هر حال بهتر است ما به التفاوت و جریمه را به صورت سپرده پرداخت کند و بگذارد پرونده جریان عادی خود را سپری کند . اگر نظر نهایی که مورد پذیرش صاحب کالاست به نفع او باشد تنها به میزان سپرده ای که در گمرک دارد ؛ سرمایه او معطل مانده ؛ نه کالا و کل سرمایه .

و هزینه انبارداری برای مدتی که کالا در گمرک خواب دارد ؛ کاملا وصول می گردد .

اگر صاحب کالا با رای کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی موافق نباشد می تواند به دیوان عدالت اداری اعتراض خود را ببرد .

در حالت بعدی از ترخیص خودداری کرده و وجوه پرداختی را مسترد کرده و در انتظار اعلام نظر نهایی و قطعی گمرک بمانیم .

کمتر کسی از این گزینه استفاده می کند زیرا استرداد وجوه ممکن است با ابطال اظهار نامه توام گردد ، بنا براین چه حقوق ورودی پرداخت شده و چه نشده باشد ، از انتخاب این گزینه صرف نظر می گردد.

روش دیگر در هنگام بروز اختلافات گمرکی این است که کالا را مرخص کنیم و مابه التفاوت و جریمه را سپرده کنیم و منتظر نظر نهایی گمرک باشیم

شاید بهترین گزینه این باشد که کالا را فعلا از گمرک ترخیص کنیم و سپرده نزد گمرک بگذاریم